Организационной структурой АНО ДПО «Академинекс» руководит генеральный директор.

Генеральному директору организационно подчинены заместитель генерального директора – начальник учебной части, заместитель генерального директора по огневой подготовке и главный бухгалтер.

Заместитель генерального директора - начальник учебной части уполномочен осуществлять текущее руководство работниками АНО ДПО «Академинекс», организовывать учебный процесс и общее методическое руководство. Исполняет обязанности генерального директора в его отсутствие.

Заместителю генерального директора – начальнику учебной части подчинены педагогические работники.

Для обеспечения эффективного управления деятельностью АНО ДПО «Академинекс» функционируют коллегиальные органы управления – Правление, Общее собрание работников и Педагогический совет. Полномочия органов управления разграничиваются согласно уставу и локальным нормативным актам АНО ДПО «Академинекс».